Fate of Atlantis bot drei Pfade: Den Action-Pfad (Fists) mit mehr Kämpfen, den Rätsel-Pfad (Wits) mit kniffligeren Puzzles, und den Team-Pfad mit Sophia Hapgood als Partnerin. Jeder Pfad hatte eigene Locations, Dialoge und Rätsel. Das verdreifachte effektiv den Wiederspielwert.